
John empezó a tomar clases de guitarra a los 12 años y de ahí ha surgido como uno de los guitarristas más importantes del mundo, en el marco del éxito de su banda Dream Theater, ha logrado el reconocimiento y respeto de muchos músicos en el mundo debido a su notable habilidad para componer estructuras musicales extremadamente complejas y bellas, prueba de esto por ejemplo es su incorporación en la gira G3 junto a Joe Satriani y Steve Vai. Actualmente John contribuye a la revista Guitar World Magazine con una columna mensual y también contribuyó con la escritura de las partituras para los libros de «Images and Words» y «Awake» (dos discos de Dream Theater). Tiene también un video actualmente a la venta. Los guitarristas que más han influido en el estilo de John han sido Steve Vai, Al Di Meola, Alex Lifeson (del grupo Rush), Steve Howe (del grupo Yes), ALAN HOLDSWORTH y el legendario Stevie Ray Vaughan. Sin embargo su máxima influencia, y la que el cita siempre como su guitarrista favorito cuando se le pregunta, es Steve Morse.
Empezó a experimentar con una guitarra de 7 cuerdas para el disco «Awake», lo cual, él cree, le dio al disco un toque más pesado y ha contribuido en la manera de componer y potenciar las posibilidades de este instrumento. Escribe activamente en su casa con su «four track studio» (consola de 4 canales) y siempre lleva con él un secuenciador a todas sus giras.
En 2005 saca su primer disco en solitario: «Suspended Animation», siendo todo un éxito de crítica dentro del mundo de la guitarra y del rock progresivo.